تواجه جهة طنجة تطوان الحسيمة تحديات متعددة في إقامة محطات تحلية مياه البحر، منها التكلفة العالية للبنية التحتية، وضرورة التكامل مع البيئة البحرية والحفاظ على التوازن البيئي، بالإضافة إلى التأكد من توفير مصادر الطاقة المستدامة لتشغيل هذه المحطات كما أن هذه المحطات يمكن أن تنتج مياهًا ذات محتوى ملحي عالٍ ، مما قد يتطلب معالجة إضافية أو مياهًا ذات محتوى مرتفع من العناصر الثقيلة ، مما قد يشكل خطرًا على الصحة